Κάτω από το λόφο Κυνοσάργους, κοντά στην νοτιοανατολική όχθη του Ιλισσού, υπήρχε ο πρώτος παλαιός μικρός ναός επ ονόματι του Αγίου Παντελεήμονος, ο οποίος είχε υποστεί δύο επεκτάσεις, οι οποίες παραμόρφωσαν το αρχικό κτίσμα. Οι ξένοι περιηγητές τον 19ο αιώνα, κατα την περιγραφή των αρχαιοτήτων στην ανατολική όχθη του Ιλισσού ποταμού, μαρτυρούν την ύπαρξη μικρού ναού αφιερωμένου στην "Αγία Μαρία" η "Μαρίνα", κοντά στη θέση του σημερινού ναού, στους πρόποδες του λόφου. Σε μεταγενέστερες περιγραφές ο χώρος αναφέρεται ενίοτε ως ο "λόφος του κάτω ανεμόμυλου", όπου λειτουργούσε ο μύλος του Χιώτη.
Ο μικρός Ναϊσκος του Αγίου Παντελεήμονος "κάτωθεν του Στρατιωτικού Νοσοκομείου", κηρύχθηκε ενοριακός τον Φεβρουάριο του 1885 από το Δημοτικό Συμβούλιο του Δήμου Αθηναίων και εγκαινιάσθηκε την Κυριακή 21 Ιουλίου του ίδιου έτους, απο τον τότε Μητροπολίτη Κεφαλληνίας, και μετέπειτα Μητροπολίτη Αθηνών, Γερμανό Καλλιγά. Δυστυχώς, τον Ιούλιο του 1950 το Εκκλ. Συμβούλιο, μετά από πιέσεις των Τεχνικών Υπηρεσιών του Δήμου ότι για την διαμόρφωση της Πλατείας έμπροσθεν του Ναού έπρεπε να γκρεμισθεί ο παλαιός Ναϊσκος, αποφάσισε την καθαίρεση του. Τον Μάρτιο του 1951 υπογράφηκε συμφωνητικό μεταξύ του Εκκλησ. Συμβουλίου και του λατόμου Αντωνίου Βλάχου με τον όρο ο δεύτερος να προβεί στον εκβραχισμό και την ισοπέδωση του χώρου που βρισκόταν ο παλαιός Ναός, ώστε να έρθει στο ίδιο επίπεδο με το πραύλιο του νέου Ναού. Εκ των πρώτων εφημερίων του παλαιού Ναού υπήρξε ο ιερεύς Νικόλαος Πλανάς, ο οποίος αγιοκατατάχθηκε το 1992.
Ο μικρός Ναϊσκος του Αγίου Παντελεήμονος "κάτωθεν του Στρατιωτικού Νοσοκομείου", κηρύχθηκε ενοριακός τον Φεβρουάριο του 1885 από το Δημοτικό Συμβούλιο του Δήμου Αθηναίων και εγκαινιάσθηκε την Κυριακή 21 Ιουλίου του ίδιου έτους, απο τον τότε Μητροπολίτη Κεφαλληνίας, και μετέπειτα Μητροπολίτη Αθηνών, Γερμανό Καλλιγά. Δυστυχώς, τον Ιούλιο του 1950 το Εκκλ. Συμβούλιο, μετά από πιέσεις των Τεχνικών Υπηρεσιών του Δήμου ότι για την διαμόρφωση της Πλατείας έμπροσθεν του Ναού έπρεπε να γκρεμισθεί ο παλαιός Ναϊσκος, αποφάσισε την καθαίρεση του. Τον Μάρτιο του 1951 υπογράφηκε συμφωνητικό μεταξύ του Εκκλησ. Συμβουλίου και του λατόμου Αντωνίου Βλάχου με τον όρο ο δεύτερος να προβεί στον εκβραχισμό και την ισοπέδωση του χώρου που βρισκόταν ο παλαιός Ναός, ώστε να έρθει στο ίδιο επίπεδο με το πραύλιο του νέου Ναού. Εκ των πρώτων εφημερίων του παλαιού Ναού υπήρξε ο ιερεύς Νικόλαος Πλανάς, ο οποίος αγιοκατατάχθηκε το 1992.